
オンライン決済システムは、WebサイトやECサイト、予約ページ、メール・SMS、SNSなどを通じて、インターネット上で代金を受け取るための仕組みです。
クレジットカードだけでなく、コンビニ決済、銀行振込、PayPayなどのコード決済、キャリア決済、後払い、口座振替まで対応できるサービスがあります。
まず選定時に重要なのは「どの決済方法に対応するか」です。

加えて、初期費用・月額費用・決済手数料などの料金と、入金サイクル、継続課金の有無・ECカートや基幹システムとの連携・セキュリティなどの機能まで確認する必要があります。
本記事では、オンライン決済システムを用途別に分け、料金・決済手数料・対応する決済方法・入金サイクル・機能を比較します。ECサイト、SaaS・Webサービス、サブスク、会費・月謝、リンク決済、実店舗併用など、目的別におすすめのサービスを紹介します。
オンライン決済システムとは
オンライン決済システムとは、ECサイトやWebサービス上で商品・サービスの代金を受け取るための仕組みです。クレジットカードやコンビニ決済、銀行振込、QRコード決済など複数の決済方法をオンライン上で提供できます。
事業者がカード会社や各決済事業者と個別に契約し、決済処理をそれぞれ構築する方法もありますが、一般的には複数の決済方法をまとめて導入できる決済代行サービスを利用します。
決済情報の処理、売上管理、入金管理まで一元化できるため、ECサイトだけでなく、SaaS、オンラインスクール、会員サービスなど幅広い事業で利用されています。
オンライン決済の仕組み
オンライン決済では、購入者が入力した決済情報をもとに、決済システムを通じてカード会社や金融機関へ支払いの可否を確認します。
承認されると注文が確定し、決済事業者を経由して売上金が事業者へ入金されます。
基本的な流れは次のとおりです。

クレジットカード決済の場合、購入時点ですぐに事業者の銀行口座へ入金されるわけではありません。決済サービスごとに設定された入金サイクルに従って売上金がまとめて振り込まれます。
オンライン決済で使える主な決済方法
オンライン決済システムでは、クレジットカードだけでなく、コンビニ決済や銀行振込、Apple Payなどさまざまな決済方法に対応できます。
| 決済方法 | 主な例・特徴 |
| クレジットカード決済 | Visa、Mastercard、JCBなど。オンライン決済の代表的な支払い方法 |
| コンビニ決済 | コンビニで番号やバーコードを使って支払う |
| 銀行振込・ネットバンク決済 | 銀行口座から代金を支払う |
| デジタルウォレット・スマホ決済 | Apple Pay、Google Pay、Amazon Pay、PayPayなど |
| キャリア決済 | 携帯電話料金とまとめて支払う |
| 後払い決済 | 商品購入後にコンビニや銀行などで支払う |
対応する決済方法はサービスごとに異なるため、自社の顧客が利用する支払い方法に対応しているかを確認することが重要です。
決済システムと決済代行サービスの違い
決済システムと決済代行サービスは似た意味で使われますが、厳密には役割が異なります。
決済システムは支払いを処理する仕組み、決済代行サービスは決済システムを含め、複数の決済手段の導入や決済事業者との接続、売上・入金管理などをまとめて提供するサービスです。

実際には、多くの決済代行会社が決済システムに加えて、決済画面や管理画面、API、継続課金、売上・入金管理などをまとめた決済代行サービスを提供しています。そのため、サービスを選ぶ際に両者を厳密に区別する必要はありません。
注目の決済サービス
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オンライン決済システムを導入するメリット
オンライン決済システムを導入する主なメリットは次の4つです。
決済方法を増やして購入機会の損失を防げる
オンライン決済システムを導入すると、クレジットカードだけでなく、コンビニ決済、銀行振込、Apple Pay、Google Pay、PayPayなど複数の決済方法を用意できます。
購入者が利用したい支払い方法を選べなくて、購入直前に離脱することを防げます。
決済・請求業務を効率化できる
オンライン決済システムでは、決済状況や売上、入金情報を管理画面からまとめて確認できます。
銀行振込のように入金確認や注文情報との照合を個別に行う必要がなく、決済完了から売上管理までの手作業を減らせます。
継続課金や代金回収を自動化できる
継続課金に対応したオンライン決済システムでは、月額料金や会費、月謝などを定期的に自動決済できます。
毎月請求書を発行したり振込を依頼したりする必要がなく、登録された支払い方法から決められたタイミングで代金を回収できます。
SaaSやスクール、ジムなどでは、請求漏れの防止や毎月の入金確認業務の削減につながります。
決済失敗や不正利用のリスクを抑えられる
オンライン決済システムには、自動再請求や本人認証、不正検知など、決済失敗や不正利用への対策機能を備えたサービスがあります。
3Dセキュアや不正検知システムがある決済システムを活用することで、盗難カードや不正な決済への対策を強化できます。
オンライン決済システムの費用相場
オンライン決済システムでは、主に初期費用、月額費用、決済手数料が発生します。
初期費用・月額費用・決済手数料の相場
オンライン決済システムのカード決済手数料は、決済金額の3%台に設定されているサービスが多くあります。
| 費用 | 料金の目安 | 特徴 |
| 初期費用 | 0円~個別見積もり | 導入設定やシステム接続などに発生 |
| 月額費用 | 0円~個別見積もり | システム利用料として毎月発生 |
| 決済手数料 | 3%台が中心 | 決済金額に応じて発生 |
StripeやSquareのような固定費0円のサービスは、決済が発生した分だけ費用を支払う料金体系です。一方、SBペイメントサービスのように、決済方法や取扱高などをもとに個別見積もりとなるサービスもあります。
振込手数料やトランザクション費用などの追加費用
オンライン決済システムでは、決済手数料以外にも追加費用が発生する場合があります。
| 費用 | 内容 |
| 振込手数料 | 売上金を銀行口座へ振り込む際の費用 |
| トランザクション費用 | 決済処理1件ごとに発生する費用 |
| 返金・取消費用 | 決済の返金や取消時に発生する費用 |
| チャージバック関連費用 | カード利用者から異議申し立てがあった場合に発生する費用 |
決済手数料の料率だけでなく、固定費や入金時の費用まで含めた総コストで確認してください。
オンライン決済システムの比較ポイント
オンライン決済システムを選ぶ際は、決済方法や料金だけでなく、課金方式、システム連携、セキュリティなども確認が必要です。
対応している決済方法を確認する
クレジットカードだけでなく、コンビニ決済、銀行振込、Apple Pay、Google Pay、PayPayなど、顧客が利用する決済方法に対応しているかを確認します。
決済方法を増やせばよいわけではなく、ECサイトの顧客層や販売商品をもとに、利用頻度の高い支払い方法を選ぶことが重要です。
都度課金・継続課金などの課金方式を確認する
商品を1回ずつ購入するECサイトと、毎月料金を回収するSaaSやスクールでは必要な課金方式が異なります。
| 課金方式 | 主な用途 |
| 都度課金 | ECサイト、単発サービス |
| 継続課金 | SaaS、会員サービス、月謝、サブスク |
| 従量課金 | 利用量に応じて料金が変わるWebサービス |
月額料金や会費を回収する場合は、継続課金や自動決済に対応した会員管理までできるサービスを選びます。
料金体系・決済手数料・入金サイクルを確認する
オンライン決済システムのコストは、決済手数料だけでは決まりません。初期費用、月額費用、振込手数料まで含めた総コストで確認します。
また、売上から入金までの期間もサービスによって異なります。資金繰りを重視する場合は、入金サイクルや早期入金の条件も重要です。
接続方式と自社の開発体制を確認する
オンライン決済システムには、決済URLを送る方法からAPIで自社サービスへ組み込む方法まで複数の接続方式があります。
| 接続方式 | 特徴 |
| リンク型 | 発行した決済URLをメールやSNSなどで送信する |
| 画面遷移型 | 決済サービス側の決済画面へ移動して支払う |
| API型 | 自社サイトやアプリに決済機能を組み込む |
開発担当者がいない場合はリンク型や画面遷移型、独自の購入画面や料金体系を構築する場合はAPI型が選択肢になります。
利用中のECカートや業務システムとの連携を確認する
ECカートを利用している場合は、決済サービスと標準連携できるかを確認します。専用アプリやプラグインが用意されていれば、決済機能を個別に開発する必要がなく、導入の負担を抑えられます。
予約システムや会計ソフト、顧客管理システムとも連携できれば、注文・決済・売上データをまとめて管理できます。
セキュリティと不正利用対策を確認する
オンライン決済では、カード情報の漏えいや不正利用への対策が欠かせません。
3Dセキュアによる本人認証、不正検知、PCI DSS(国際セキュリティ基準の1つ)への対応状況などを確認し、カード情報を安全に取り扱えるサービスを選びます。
導入・運用時のサポート体制を確認する
初めてオンライン決済を導入する場合は、初期設定やシステム開発を支援してもらえるかを確認します。
導入後についても、問い合わせ方法や受付時間、決済障害が発生した場合のサポート体制を確認しておくことが重要です。
オンライン決済システムの種類と選び方
オンライン決済システムは、販売方法や料金の回収方法によって必要な機能が異なります。まずは自社の用途を整理し、決済方法、課金方式、システム連携を基準に選びます。
| 種類 | 主な利用シーン | 重視する機能 |
| ECサイト・ネットショップ向け | 商品のオンライン販売 | ECカート連携、決済方法、セキュリティ |
| SaaS・Webサービス・アプリ・継続課金向け | 月額サービス、アプリ、SaaS | API連携、継続課金、料金プラン管理 |
| 会費・月謝・請求回収向け | スクール、ジム、会員サービス | 自動決済、請求管理、顧客管理 |
| 実店舗とオンラインの両方で使うタイプ | 店舗とECの併用 | 店舗決済、オンライン決済、売上管理 |
| サイトなしで使えるリンク決済 | SNS、メール、LINEなどで販売 | 決済リンク発行、決済ページ作成 |
ECサイト・ネットショップ向け
ECサイトやネットショップでは、利用中のECカートと標準連携できる決済システムを選ぶのが基本です。専用アプリやプラグインがあれば、決済機能を個別開発せず導入できます。
クレジットカードだけでなく、コンビニ決済やApple Pay、Google Payなど、顧客が利用する決済方法への対応も確認します。
SaaS・Webサービス・アプリ・継続課金向け
SaaSやWebサービスでは、継続課金とAPI連携に対応した決済システムを選びます。
月額・年額などの定期課金に加え、料金プランの変更や従量課金など、自社の料金体系を実装できるかも重要です。サービス内に決済機能を組み込む場合は、APIや開発者向けドキュメントも確認します。
会費・月謝・請求回収向け
スクール、ジム、会員サービスでは、毎月の会費や月謝を自動で回収できるサービスがおすすめです。
定期決済だけでなく、決済失敗時の再請求、請求状況の確認、顧客情報の管理まで対応していると、毎月の回収業務をまとめて管理できます。
実店舗とオンラインの両方で使うタイプ
店舗とECの両方で販売する場合は、対面決済とオンライン決済を同じサービスで管理できるかを確認します。
店舗端末とオンライン決済の売上をまとめて確認できれば、販売チャネルごとに別の決済サービスを管理する必要がありません。
サイトなしで使えるリンク決済
ECサイトを持たない場合は、決済URLを発行できるリンク決済をご利用ください。
作成した決済ページのURLをメール、LINE、SNSなどで顧客へ送り、そのページから支払いを受け付けます。オンライン講座、個別注文、サービス料金の請求など、Webサイトを構築せずオンライン決済を導入する場合に活用できます。
| 種類 | 代表的なサービス |
| ECサイト・ネットショップ | SBペイメント、ペイジェント |
| SaaS・Webサービス・アプリ・継続課金 | サブスクペイ、Paysys、Stripe |
| 会費・月謝・請求回収 | 月謝ペイ、月額パンダ、会費ペイ |
| 実店舗とオンラインの両方 | Square、STORES決済 |
| サイトなしで使えるリンク決済 | サブスクペイ、formrun、Paysys |
ここからは種類ごとにおすすめのオンライン決済システムを紹介します。
オンライン決済システム比較|ECサイト・ネットショップ向け
ECサイト・ネットショップでは、決済手数料だけでなく、対応する決済方法、入金サイクル、利用中のECカートとの連携を確認して選びます。
ECサイト・ネットショップ向けオンライン決済システム一覧
| サービス | 初期費用 月額費用 | カード決済手数料 | 主な決済方法 | 入金サイクル | ECカート連携 |
| SBペイメントサービス | 個別見積もり | 個別見積もり | カード、PayPay、 コンビニ、キャリア決済など | 原則翌月末 | Shopify、futureshop、 EC-CUBEなど |
| ペイジェント | 個別見積もり | 個別見積もり | カード、コンビニ、 銀行ネット、キャリア決済など | 契約内容による | EC-CUBE、 WooCommerceなど |
SBペイメントサービス

- 40ブランド以上の決済手段に対応
- 業界最大規模の取引高9.8兆円
- 20種類以上のECカートと接続済み
SBペイメントサービスは、決済方法を充実させたいECサイトにおすすめの決済代行サービスです。
クレジットカードをはじめ、PayPay、キャリア決済、コンビニ決済など40ブランド以上を取り扱い、20種類以上のECカート・パッケージと接続しています。
大量アクセスにも対応する決済基盤やAI不正検知なども提供しているため、決済方法を増やしながら、大規模なECサイトを運営する場合におすすめです。
| 項目 | 内容 |
| 初期費用 | 問い合わせ |
| 月額費用 | 問い合わせ |
| 手数料 | 問い合わせ |
| 対応決済 | クレカ・QRコード決済(PayPay・楽天ペイ等) キャリア決済・コンビニ・後払い など |
| 決済方式 | リンク型・API型・メールリンク型 |
| 対応ECカート | Shopify・futureshop・ecforce ebisumart・W2 Repeat・aiship など |
| セキュリティ対策 | PCI DSS準拠・ISMS認証取得 EMV 3-Dセキュア・AI不正検知など |
| 入金サイクル | 問い合わせ |
公式ホームページ:https://www.sbpayment.jp/
ペイジェント

- 豊富なオンライン決済手段に対応
- ECカートやパッケージと連携
- 最短5営業日の入金に対応
ペイジェントは、売上金を早く受け取りたいEC事業者におすすめの決済代行サービスです。
通常でも締日から9営業日、早期入金オプションでは最短5営業日で入金されるため、仕入れや広告費などに売上金を早く回せます。
EC-CUBE向けの決済モジュールも提供しており、決済状況や売上を管理画面からまとめて管理できます。EC-CUBEを利用している事業者や、入金スピードを重視する場合におすすめです。
| 項目 | 内容 |
| 初期費用 | 問い合わせ |
| 月額費用 | 問い合わせ |
| 手数料 | 問い合わせ |
| 対応決済 | クレジットカード・コンビニ決済 銀行ネット決済・ATM決済・銀行仮想口座 |
| 決済方式 | リンク型・メール決済・システム連携 |
| 対応ECカート | Shopify・EC-CUBE WordPress(WooCommerce)など |
| セキュリティ対策 | 問い合わせ |
| 入金サイクル | 月1回締め(翌月9~10営業日後) ※早期入金オプション有(月2~4回締め・5~6営業日後) |
オンライン決済システム比較|SaaS・Webサービス・アプリ・継続課金向け
SaaSやWebサービスでは、継続課金の自由度とAPI連携のしやすさを重視して選びます。月額課金だけでなく、料金変更や従量課金など、自社の料金体系を実現できるかも確認が必要です。
SaaS・Webサービス・アプリ向けオンライン決済システム一覧
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オンライン決済システム比較|会費・月謝・請求回収向け
会費や月謝を定期的に回収する場合は、自動課金だけでなく、請求状況や顧客情報までまとめて管理できるかを確認します。スクールやジム、会員制サービスでは、未払い管理や顧客管理まで対応したサービスを選ぶと、毎月の請求・回収業務を効率化できます。
会費・月謝・請求回収向けオンライン決済システム一覧
| サービス名 | イメージ | こんな人におすすめ | 初期費用 | 月額費用 | 決済手数料 | カード決済 | 口座振替 | コンビニ決済 | 対応決済 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
![]() |
会員管理と月額請求を一つの仕組みで運用したい |
個別見積 |
個別見積 |
決済:2.5%~ |
〇 |
・クレジットカード決済 |
|||
![]() |
少数決済でも使いたい・固定費0円で導入したい |
0円 ※無料 |
0円 ※無料 |
3.5%+100円/件 |
〇 |
〇 |
〇 |
クレジットカード決済 |
|
![]() |
レッスン予約と会費徴収をまとめて管理したい |
無料アカウント登録 |
0円~ |
4.9%+99円※税込 |
〇 |
✕ |
✕ |
クレジットカード決済 |
|
![]() |
会員の入会手続きから会費・月謝回収までを自動化したい |
0円 ※無料 |
0円 ※無料 |
2.5%~+150円/件 |
〇 |
〇 |
〇 |
クレジットカード決済 |
|
![]() |
会費制施設で会員・予約・請求をまとめて管理したい |
導入費用割引キャンペーン実施中! |
10,000円~ |
VISA・Mastercard:3.00% |
〇 |
〇 |
✕ |
クレジットカード決済 |
|
![]() |
オンラインスクールを月額課金で運営したい |
30,000円 |
お問い合わせ |
〇 |
✕ |
✕ |
クレジットカード決済 |
||
![]() |
お店の対面決済とオンライン月額課金を1つで導入したい |
0円 |
0円※無料~ |
決済手数料:3.6% |
〇 |
✕ |
✕ |
クレジットカード決済 |
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オンライン決済システム比較|実店舗とオンラインをまとめて管理できる
実店舗とECの両方で販売する場合は、対面決済とオンライン決済だけでなく、売上や在庫まで一元管理できるサービスを選ぶと運用をまとめられます。
実店舗・オンライン両対応の決済システム一覧
| サービス | 月額費用 | 対面 決済手数料 | オンライン 決済手数料 | 端末 | 入金サイクル |
| Square決済 | 0円~ | 2.5%~ | 3.6% | 0円~99,980円 | 最短翌営業日 |
| STORES決済 | 0円~ スタンダード3,300円 | 1.98%~ | 3.6%~ | スタンダードは1台無料 | 手動入金は最短翌々日 自動入金は翌月20日 |
Square決済

- 月額固定費0円から対面決済とオンライン決済を導入できる
- 店舗とECの商品・在庫・売上データをまとめて管理できる
- 最短翌営業日の入金に対応している
Square決済は、月額固定費0円から実店舗とオンラインの決済をまとめて導入できるサービスです。Square POSレジやSquare オンラインビジネスと連携し、店舗とECの商品、在庫、売上データをまとめて管理できます。
固定費を抑えながら、店舗とECをまとめて管理する事業者におすすめです。
| 項目 | 内容 |
| 月額費用 | 0円~ |
| 対面決済手数料 | 2.5%~ |
| オンライン決済手数料 | 3.6% |
| 決済端末 | Square リーダー、Square ターミナル、Square レジスターなど |
| オンライン決済 | Square オンラインビジネス、リンク決済など |
| 売上・在庫管理 | 店舗とオンラインで一元管理 |
| 入金サイクル | 最短翌営業日 |
STORES決済

- STORES レジ・ネットショップと連携して店舗とECを一元管理できる
- スタンダードプランでは対面カード決済手数料1.98%~
- 商品・在庫・注文・売上をSTORESのサービス間で連携できる
STORES決済は、STORES レジやSTORES ネットショップと組み合わせて、実店舗とECを一元管理できるサービスです。商品情報や在庫、注文、売上をSTORESのサービス間で連携できるため、店舗とネットショップを併用する場合の管理をまとめられます。
STORES ネットショップと実店舗をまとめて運営する事業者におすすめです。
| 項目 | 内容 |
| 月額費用 | 0円~/スタンダード3,300円 |
| 対面決済手数料 | 1.98%~ |
| オンライン決済手数料 | STORES ネットショップは3.6%~ |
| 決済端末 | スタンダードプランは1店舗につき1台無料 |
| オンライン決済 | STORES ネットショップ |
| 売上・在庫管理 | STORES レジ・ネットショップと連携 |
| 入金サイクル | 手動入金は最短翌々日、自動入金は翌月20日 |
オンライン決済システム比較|サイトなしで使えるリンク決済
リンク決済は、決済ページのURLをメールやLINE、SNSなどで送るだけで支払いを受け付けられる方法です。ECサイトを用意せずオンライン決済を導入できるため、個別注文やオンライン講座、サービス料金の請求などにも利用できます。
リンク決済システム一覧|料金・手数料を比較
| サービス名 | イメージ | 決済手数料 | カード決済 | 継続課金(サブスク) | 特徴 |
|---|---|---|---|---|---|
![]() |
2.5%~ |
〇 |
〇 |
業界最安水準の手数料2.5%〜/サブスク機能が豊富 |
|
![]() |
3.3%~ |
〇 |
〇 |
開発不要、請求URL送付だけで決済完了 |
|
![]() |
2.99%~ |
〇 |
〇 |
フォーム作成とリンク決済で申込み~支払いを一画面で完結 |
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オンライン決済システム導入前の注意点
オンライン決済システムを導入する前に、料金だけでなく入金までの期間や障害時の対応、加盟店審査も確認します。主な注意点は次の4つです。
- 決済ごとに手数料が発生する
- 売上から入金まで時間がかかる
- システム障害時は決済を受け付けられない
- 導入時に加盟店審査が必要
決済ごとに手数料が発生
オンライン決済では、売上に対して数%程度の決済手数料が発生します。売上が増えるほど手数料の総額も増えるため、決済手数料だけでなく月額費用や振込手数料まで含めた総コストを確認します。
売上から入金まで時間がかかる
オンライン決済では、決済された売上がすぐに銀行口座へ入金されるとは限りません。サービスごとに入金サイクルが異なるため、仕入れや運転資金への影響を考えて入金の回数や日付を確認することが重要です。
システム障害時は決済を受け付けられない
決済サービスや通信環境で障害が発生すると、一時的にオンライン決済を受け付けられない場合があります。
安定した決済環境を確保するため、システムの稼働率や障害発生時の情報公開、復旧体制を確認します。
導入時に加盟店審査が必要
クレジットカードなどの決済方法を導入する際は、事業内容や販売商品などを確認する加盟店審査があります。
審査には一定の期間が必要になるため、利用開始日から逆算して申し込むことが重要です。
オンライン決済システムの導入手順
オンライン決済システムは、用途と必要な決済方法を整理したうえで、料金や連携方式を確認して導入します。一般的な流れは次の6ステップです。
1. 利用用途・決済手段を決める
まず、ECサイト、サブスク、リンク決済、予約受付など、オンライン決済を利用する用途を整理します。あわせて、クレジットカード、コンビニ決済、Apple Pay、Google Payなど、顧客に提供する決済方法を決めます。
2. 費用と入金条件を比較する
月間の決済額を想定し、初期費用、月額費用、決済手数料、振込手数料などを確認します。入金サイクルも含めた総コストで確認することが重要です。
3. 連携方式を確認する
利用中のECカートや自社システムに応じて、プラグイン、API、リンク決済、決済フォームなどの連携方式を確認します。ECカートと標準連携できる場合は、個別開発を減らせます。
4. 審査・申込を行う
サービスを決めたら加盟店審査を申し込みます。事業内容、取扱商品・サービス、Webサイト、特定商取引法に基づく表記など、決済事業者が求める情報を事前に準備します。
5. 実装・テストを行う
審査完了後は決済機能を実装し、正常に処理できるか確認します。決済完了、決済失敗、返金、売上確定、通知など、実際の運用を想定してテストします。
6. 運用開始後に不正利用・入金を確認する
運用開始後は、決済失敗や不正利用、チャージバック、入金金額の差異を継続的に確認します。決済状況と入金状況を定期的に確認できる運用体制を整えておくことが重要です。
まとめ|オンライン決済は「用途・総コスト・連携方式」で比較する
オンライン決済システムは、ECサイト、サブスク、予約、請求URLなど用途によって必要な機能が異なります。まず用途と必要な決済手段を固定し、そのうえで総コスト、入金サイクル、継続課金、連携方式、セキュリティを比較してください。












